A Fundação Universitária José Bonifácio foi criada com a finalidade de contornar os entraves burocráticos que impediam a UFRJ de desempenhar plenamente algumas de suas atribuições, sobretudo em relação ao fomento a pesquisas científicas. A criação da FUJB tornou-se possível quando um novo Estatuto da UFRJ, aprovado em 6 de maio de 1970, em seu artigo 123 § 2º, autorizou a universidade “a instituir fundação destinada à exploração econômica dos bens disponíveis do seu patrimônio, a fim de promover e subsidiar, com os rendimentos auferidos, programas de desenvolvimento do ensino e da pesquisa”.